El aeropuerto de Vitoria tiene amplia experiencia en el manejo de charters de muy diverso tipo, con mercancías como:

• Animales vivos
• Productos perecederos
• Maquinaria de gran peso y volumen
• Obras de arte
• Textil
• Mercancía peligrosa
• Mercancía de alto valor tecnológico

Las operaciones charter son operativas de transporte aéreo no regulares solicitadas ad hoc, pueden ser para el transporte tanto de pasajeros o de mercancía. En el caso de las mercancías se trata normalmente de bienes de alto valor añadido o con una necesidad de puntualidad importante que justifica el flete de un avión ex proceso para ese transporte.